Papers and books of the Bioflora research group (last 15 years)

Scientific research

In preparation (2024)

Decena MA, Sancho R, Inda LA, Perez-Collazos E, Catalan P. 2024. Expansions and contractions of repetitive DNA elements reveal contrasting evolutionary responses to the polyploid genome shock hypothesis in grass Brachypodium polyploids (in rev.)

Moreno-Aguilar MF, Viruel J, Sanchez-Rodríguez A, Arnelas I, Ospina JC, Martinez-Sagarra G, Calderon D, Devesa JA, Stewart A, Catalan P. 2024. Genic and genomic discordances reveal contrasting hybridization episodes in temperate Loliinae grasses (in rev.).

Decena MA, Sancho R, Lusinska J, Hasterok R, Gorgojo R, Montes B, Perez-Collazos E, Inda LA, Catalan P. 2024. Cyto-phylogenomics of the Brachypodium grass complex unveils different pre- and post-polyploidization descending dysploidy trends (in rev.).

Duran M, Campos M, Ben-Menni S, Sotomayor A, Catalán P, San-Emeterio L, Canals R.M. 2024. Reproductive diversity and genomics of the tallgrass Brachypodium rupestre along an invasion gradient in high mountain grasslands. Molecular Ecology (in rev., 1st submission)

Campos-Caceres M, Perez-Collzados E, Diaz-perez A, Lopez-Alvarez D, Oumouloud A, Mur LAJ, Vogel J, Catalan P. 2024. Repeated migration, interbreeding and bottlenecking shaped the phylogeography and niche adaptation of the Mediterranean grass Brachypodium stacei. Molecular Ecology (in rev., 2nd submission)


Mu W, Li K, Yang Y, Breiman A, Yang J, Wu J, Zhu M, Wang S, Catalán P, Nevo E, Liu J. 2023. Subgenomic stability of progenitor genomes during repeated allotetraploid origins of the same grass Brachypodium hybridum. Molecular Biology and Evolution 40(12): msad259. doi: 10.1093/molbev/msad259. PMID: 38000891; PMCID: PMC10708906.

Mu W, Li K, Yang Y, Breiman A, Yang J, Wu Y, Wu S, Zhu M, Liu J, Nevo E, Catalán P. 2023. Scattered differentiation of unlinked loci across the genome underlines ecological divergence of the selfing grass Brachypodium stacei. PNAS 120: e2304848120

Garnatje T, Catalán P, Inda LA, Vallés J, Pyke S. 2023. Genome size of grass Festuca mountain species from the southwestern European Pyrenees: variation, evolution, and new assessments. Plants Systematics and evolution 309: 29. doi 10.1007/s00606-023-01867-x.

Catalán P, Decena MA, Sancho R, Viruel J, Perez-Collazos E, Inda LA, Probatova N. 2023. Phylogenetics of the Paleartic grass Brachypodium sylvaticum uncovers two divergent oriental and occidental micro-taxa lineages. Botanica Pacifica 12:21-28.

Arnelas I, Moreno-Aguilar MF, Catalán P. 2023. Second-step lectotypifications of two names of Festuca subgenus Erosiflorae (Loliinae, Pooideae, Poaceae). Phytotaxa. 599 (2): 137-138. doi 10.11646/phytotaxa.599.2.5.

Campos M, Kelley E, Gravendeel B, Médail F, Christenhusz JM, Fay MF, Catalán P, Leitch IJ, Forest F, Wilkin P, Viruel J. 2023. Genomic, spatial and morphometric data for discrimination of four species in the Mediterranean Tamus clade of yams (Dioscorea, Dioscoreaceae). Annals of Botany 131(4):635-654.


Scarlett V, Lovell J, Shao M, Phillips J, Shu S, Lusinska J, Goodstein D, Jenkins J, Grimwood J, Barry K, Chalhoub B, Schmutz J, Hasterok R, Catalan P, Vogel J. 2022. Multiple origins, one evolutionary trajectory: gradual evolution characterizes distinct lineages of allotetraploid Brachypodium. Genetics, 10.1093/genetics/iyac146.

Moreno-Aguilar MF, Inda LA, Sánchez A, Catalán P, Arnelas I. 2022. Phylogenomics and systematics of overlooked Mesoamerican and South American polyploid broad-leaved Festuca grasses differentiate F. sects. Glabricarpae and Ruprechtia and F. subgen. Asperifolia, Erosiflorae, Mallopetalon and Coironhuecu (subgen. nov.). Plants 11, 2303.

Sancho R, Catalán P, Contreras-Moreira B, Juenger TE, Des Marais DL. 2022. Patterns of pan-genome occupancy and gene co-expression under water-deficit in Brachypodium distachyon. Molecular Ecology 31:5285-5306. doi: 10.1111/mec.16661

Moreno-Aguilar MF, Inda LA, Sánchez A, Arnelas I, Catalán P. 2022. Evolutionary dynamics of the repeatome explains contrasting differences in genome sizes and hybrid and polyploid origins of grass Loliinae lineages. Frontiers in Plant Sciences 13: 901733. doi: 10.3389/fpls.2022.901733

Moreno-Aguilar MF, Inda LA, Arnelas I, Catalán P. 2022. IAPT chromosome data 36/2, in Marhold K & Kucera J (eds) IAPT chromosome data 36. Taxon 71: 1132-1134.

Arnelas I, Pérez-Collazos E, López-Martínez J, Devesa JA, Catalán P. 2022. Molecular systematics of Valerianella Mill. (Caprifoliaceae): challenging the taxonomic value of genetically controlled carpological traits. Plants 11: 1276.

Hasterok R, Catalan P, Hazen SP, Roulin AC, Vogel JP, Wang K, Mur LAJ. 2022. Brachypodium: Twenty years as a grass biology model system; the way forward? Trends in Plant Science 27: 1002-1016.

Sancho R, Inda LA, Diaz-Perez A, Des Marais D, Gordon SP, Vogel JP, Lusinska J, Hasterok R, Contreras-Moreira B, Catalán P. 2022. Tracking the ancestry of known and 'ghost' homeologous subgenomes in model grass Brachypodium polyploids. The Plant Journal 109(6):1535-1558. doi: 10.1111/tpj.15650. Epub 2022 Feb 8. PMID: 34951515.


Pickett B, Carey CJ, Arogyaswamy K, Botthoff J, Maltz M, Catalán P, Aronson E. 2021. Enriched root bacterial microbiome in invaded vs native ranges of the model grass allotetraploid Brachypodium hybridum. Biological invasions (2021) A

Olonova M, Pulkina SV, Mitrenina EY, Catalán P. 2021. IAPT chromosome data 35/10. Taxon71: E31-E32 (in Marhold K & Kucera J (eds.) IAPT chromosome data 35, Taxon 71: E1-E42). A

Decena MA, Galvez-Rojas S, Agostini F, Sancho R, Contreras-Moreira B, Des Marais D, Hernández P, Catalán P. 2021. Comparative genomics, evolution and drought-induced expressions of dehydrin genes in model Brachypodium grasses. Plants 10(12): 2664. A

Mairal M, Namaganda M, Gizaw A, Chala D, Brochmann C, Catalán P. 2021. Multiple mountain-hopping colonization of sky-islands on the two sides of Tropical Africa during the Pleistocene: the afroalpine Festucagrasses. Journal of Biogeography 48(5): 1-17. 10.1111/jbi.14117. A


Gordon SP, Contreras-Moreira B, Levy JJ, Djamei A, Czedik-Eysenberg A, Tartaglio VS, Session A, Martin J, Cartwright A, Katz A, Singan VR, Goltsman E, Barry K, Dinh-Thi VH, Chalhoub B, Diaz-Perez A, Sancho R, Lusinska J, Wolny E, Nibau C, Doonan JH, Mur L, Plott C, Jenkins J, Hazen SP, Lee SJ, Shu S, Goodstein D, Rokhsar D, Schmutz J, Hasterok R, Catalán P, Vogel JP. 2020. Gradual polyploid genome evolution revealed by a pan-genomic analysis of Brachypodium hybridum and its diploid progenitors. Nature Communications 11:3670. A

Catalan P, Vogel JP. 2020. Advances on genomics, biology, ecology and evolution of Brachypodium, a bridging model grass system for cereals and biofuel grasses. New Phytologist 227:1587-1590. A

Largier G, Villar L. 2020. Éloge à Marcel SAULE à l'occasion de la remise du prix Gandoger de phanérogamie 2018. Journal de Botanique de la Société Botanique de France,  87: 8-10. A

Catalan P. 2020. Profile Pilar Catalán. New Phytologist 227:1615-1617. New Phytologist 227:1587-1590. A

Becana M, Yruela I, Sarath G, Catalan P, Hargroves MS. 2020. Plant hemoglobins: a journey from unicellular algae to vascular plants. New Phytologist 227:1618-1635. A

Moreno-Aguilar MF, Arnelas I, Sánchez A, Viruel J, Catalán P. 2020. Museomics unveil the phylogeny and biogeography of the neglected Juan Fernandez archipelago Megalachne and Podophorus endemic grasses and their connection with relict Pampean-Ventanian fescues. Frontiers in Plant Sciences, 11:819.  A

Kergunteuil A, Humair L, Maire AL, Moreno-Aguilar MF, Godschalx A, Catalán P, Rasmann S. 2020. Tritrophic interactions follow phylogenetic escalation and climatic adaptation. Scientific Reports10: 2074. A

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